Nachdems Raidens Krieger im Kampf gegen die Deadly Alliance gefallen sind,tritt dieser entgegen der Anweisung der Elder Gods an, wobei er ebenfalls unterliegt.
Daraufhin (Raiden wird nicht getötet) kämpfen Shang Tsung und Quan Chi um Onagas Amulett, wobei Quan Chi als Sieger hervorgeht und ansehen muss, wie Onaga, der Dragon King, zu neuem Leben erweckt. Dieser fordert sein Amulett zurück und sucht die Kamidogu, sechs Artefakte, die er zur Zerstörung von Edenia, dem Erdenreich, dem Netherealm und der anderen Reiche benötigt. Die Kämpfer, die nicht von der Deadly Alliance getötet wurden, müssen sich nun gegen Onaga zur Wehr setzen.