Als Quan Chi vor Scorpion aus den Tiefen des Netherealm flieht,entdeckt er ein Grab,welches die mumifizierten Überreste der Armee des Onaga enthält.
Als er lernt,dass die Armee in wiederbelebtem Zustand unbesiegbar wäre,beschließt er,dieser Kriegerseelen zuzuführen,um sie zu „richtigem“ Leben gelangen zu lassen und sie kontrollierbar zu machen.
Zu diesem Zweck bietet er Shang Tsung eine Allianz (auf die sich der Titel bezieht) und als Preis für seine Kooperation Unsterblichkeit an. Daraufhin ermorden sie die beiden für sie gefährlichsten Personen,nämlich Shao Kahn und Liu Kang, und betreten daraufhin Outworld,um dort Seelen für ihre Armee zu gewinnen.
Derweil verbünden sich Raiden und die Krieger des Erdenreiches,um erneut im Mortal Kombat anzutreten.