2 Jahre nach Shao Kahns Niederlage hat sich der Totenbeschwörer Quan Chi mit dem vor Jahrtausenden von Raiden ins Netherealm verbannten Gott Shinnok verbündet und diesen befreit.
Mit Hilfe eines Verräters aus Edenia gelangen diese in den Himmel und töten die Götter,die sie dort auffinden. Nur Fujin und Raiden entkommen und suchen sich Krieger für einen weiteren Mortal Kombat zusammen.